SMA YPPK Teruna Bakti Jayapura memiliki sejarah yang panjang dan mengalami perubahan yang signifikan sepanjang perjalanan waktu. Awalnya, sekolah ini dimulai sebagai Sekolah Pendidikan Guru (ODO) pada masa penjajahan Belanda di Fak-fak. Setelah Papua menjadi bagian Republik Indonesia pada tahun 1963, sistem pendidikan berubah menjadi Sekolah Guru Bawah (SGB). Pada tahun 1961, SGB dibuka secara resmi di Nabire dengan Rektor Pater M. Kamarer, OFM dan Kepala Sekolah Tuan V. Ostendorp.

Untuk menampung siswa dari berbagai daerah di Papua, sekolah ini mendirikan asrama di Nabire. Pada tahun 1965, SGB dipindahkan ke Kokonao dengan Rektor Pater Seesink dan Kepala Sekolah Bapak AL Harianja. Kemudian, SGB dan Sekolah Guru Atas (SGA) digabung menjadi Sekolah Pendidikan Guru (SPG) dengan jenjang enam tahun. SPG yang berkedudukan di Biak dipindahkan ke Jayapura pada tahun 1970 dengan Rektor Pater Duinstee OFM dan Kepala Sekolah Suster Y.A.Y.K. Warzon DSY.

Pada tahun 1989, SPG Teruna Bakti diubah menjadi SMA YPPK Teruna Bakti dengan Kepala Sekolah Bapak Bambang Sutaji BA dan Rektor Pater Yan Van de Hoorst. Sekolah ini memiliki fasilitas yang lengkap seperti kapel, aula, sarana olahraga, dan perumahan guru. SMA YPPK Teruna Bakti terus berupaya meningkatkan kualitas pendidikan dan telah memperoleh peringkat "A" dalam setiap akreditasi di Provinsi Papua.